A região hoje ocupada pela freguesia de Comenda, foi no passado habitada por povos cuja origem se perde no tempo. Como atestam vestígios  do neolítico, encontrados na freguesia.

Segundo o Dr. José Heitor Patrão também povos alta idade média, e mesmo do neolítico, marcaram a sua presença nesta região do Norte Alentejano. Em comenda, poderão existir vestígios bem conservados dessa época, faltando um estudo que o venha a comprovar tal facto.

 Da época romana a ponte da Ribeira da Venda é um exemplo bem conservado, que nos faz acreditar ser este local importante caminho na época. Tal caminho levaria para sul, passando por Monte da Pedra onde uma ponte com as mesmas características, mas de menor dimensão é conhecida desde tempos imemoriais.  

Na sua história mais recente, (Sécs XVI - XVII) terá existido um povoado, chamado "Vila Franca", que estava ao pé de um ribeiro que se chama Vale Frio, e que também é perto de uma ribeira que na altura era chamada de " Vale de Carreiros ou da Venda". Desse povoado praticamente nada se sabe, a não ser que ali esteve a igreja paroquial até ao ano de 1755 (ainda lá há restos de construções no local). A tradição diz que houve peste naquele local, daí ter sido abandonado pelos seus habitantes. É este o local hoje apontado como a provável origem da Comenda, distando os dois locais cerca de 5 Km.

No ano de 1755 passou a seu utilizada a nova igreja paroquial no Vale do Grou. A mudança da igreja paroquial é atribuída a causas sobrenaturais: diz o povo que um dia a santa que estava no altar da igreja no Vale Frio apareceu em cima de um sobreiro no Vale de Grou, e que por mais que levassem a santa de volta para a igreja, ela voltava a aparecer no mesmo sobreiro, o que terá levado a população a transferir a igreja. Junto desta igreja existiram várias habitações, era aqui que vivia o Pároco, e a pequena distância existia e ainda existe hoje um monte, o monte do Vale do Grou. Por esta altura a Comenda tinha cerca de 93 fogos e 245 habitantes, distribuídos pela Comenda, Vale da Feiteira, Vale do Grou, e outros locais menores, e apresentava ao Reitor (os padres eram assim chamados) uma côngrua de 2 moios de trigo, 45 alqueires de centeio, 25 almudes de vinho em mosto, 3 alqueires de azeite e dois mil réis em dinheiro.

Em 1839 a Comenda aparece na comarca de Tomar, e em 1852 na comarca de Niza.

Em 1874, as descrições que eram feitas apontavam 160 fogos, com a mesma côngrua de 1755, e como tendo juiz de vintena (tribunal de aldeia constituído por 20 homens).

Em 1936, pertence à Terceira Região Militar e ao Segundo Distrito de Mobilização de Abrantes. Tem neste ano lagares de azeite, fábrica de lacticínios e caldeiras de cortiça. É formada pelos seguintes lugares: Carqueijosa, Castelo Cernado (hoje Comenda), Ferraria, Machoqueira, Outeiro, Polvorão, Polvorosas, Vale da Feiteira, Vale de S. João, Vale do Grou, Vale de Junco, e as herdades.